רבי יעקב בר שלום (ג'אתו) הכהן יהונתן זצ"ל היה תלמיד חכם צנוע ועניו. היה גם פייטן ונגן. כל זמנו היה מוקדש ללימוד תורה ועשה תורתו קבע ועבודתו עראי. היה איש של גמילות חסד בגוף ובממון היה אוסף כסף לעניים. היה משמח חתן וכלה שלא על מנת לקבל פרס.
רבי יעקב הכהן יהונתן היה אביו של רבי ציון הכהן יהונתן (השני) שהיה רבה של העיר זוארה שבטריפולי.
רבי יעקב הכהן יהונתן חיבר את הספרים "זרע השלום" ג'רבה תרפ"ח ואת הספר "זרע יעקב" ג'רבה תרצ"ח בספר זה יש חידושים מאשתו של רבי יעקב "זאלו" (מזאלה) מזל שהיא ביתו של הגאון רבי סאסי הכהן יהונתן זצ"ל . על החידושים אלו לא נכתב שמה של אשתו אלה צוין עליהם "מפי השמועה" וזאת מכוון שלא היה נהוג ומקובל שאישה מחדשת חידושים בתורה.
רבי יעקב בר שלום (ג'אתו) הכהן יהונתן נתבקש בישיבה של מעלה ביום ב' לחודש מנחם אב שנת תרצ"ו ת.נ.צ.ב.ה אמן.
ליקט וערך יוסי פרי